La gobernanza tribal ya es única entre los NASNT, y la APU dice que su nueva dirección mejora plenamente el conocimiento indígena y fortalece las asociaciones comunitarias sin estar sujeta a la supervisión federal.
APU se convirtió en una universidad gobernada tribalmente en 2016 a través de una asociación estratégica con el vecino Consorcio de Salud Tribal Nativa de Alaska. Como parte de la visión renovada de APU, el consorcio se está alejando del trabajo de educación superior para centrarse en otras áreas de misión.
La estructura de gobernanza actualizada también incluye un modelo de membresía de tres niveles que invita a los participantes a brindar orientación y apoyo. Los tres niveles (Steward, Associate y Ally) corresponden a oportunidades de liderazgo en APU según el nivel de participación financiera.
La membresía de Stewardship está reservada para tribus reconocidas y organizaciones tribales que deseen educar a su personal y a sus electores. Este es el nivel más alto de membresía e incluye un puesto designado en la Junta Directiva junto con un compromiso financiero anual.
La Membresía Asociada APU está diseñada para tribus e instituciones tribales que desean ser sancionadas como una Universidad Nativa de Alaska, sin compromiso financiero. Los miembros asociados pueden nominar a un fideicomisario para un puesto general en la Junta Directiva de la APU y recibir consideración prioritaria para los puestos vacantes.
La membresía Allied está abierta a entidades no tribales e individuos que deseen apoyar el modelo emergente de Alaska Native University a través de contribuciones financieras anuales. Los miembros aliados también pueden nominar a un fideicomisario para un puesto general en la Junta de Fideicomisarios de la APU.

